Genómica computacional del ARN

GRUPOS DE TRABAJO

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Más sobre nosotros:


Dr. Cei Abreu Goodger

Investigador Principal

Nuestros intereses caen dentro del campo de la regulación genética, enfocados en mecanismos de regulación basados en RNA.
Desarrollamos herramientas computacionales para estudiar los efectos funcionales y evolutivos que los microRNAs tienen sobre la expresión génica. De particular interés son microRNAs altamente conservados en animales, ya que suelen regular a cientos de genes blanco, aún y cuando la mayoría de los sitios blanco no se encuentran muy conservados. Podemos estudiar la evolución de las redes de regulación de los microRNAs, ya sea comparando experimentos realizados en diferentes especies, o reconstruyendo secuencias ancestrales usando modelos filogenéticos.
También nos interesan los RNAs pequeños que se transfieren entre células o inclusive entre especies. Recientemente se ha descubierto que muchos RNAs pequeños, incluyendo microRNAs, se encuentran afuera de las células, usualmente dentro de exosomas. Se han documentado algunos casos de comunicación entre especies mediadas por estos RNAs, pero existen muchas preguntas aún por contestar.

Líneas de investigación:

  • Predicción de la función de microRNAs.
  • Evolución de redes de regulación de microRNAs.
  • Evolución y función de sistemas de metilación en bacterias.
  • Comunicación entre organismos mediante RNA no-codificante.

Proyectos recientes:

  • "Estudio de la función de RNAs pequeños en simbiontes". SEP/CONACYT - Ciencia Básica (2018-2021).
  • "Generation of a de novo genome assembly and gene annotation for the Monarch butterfly Danaus plexippus". UC-MEXUS-CONACYT (2017-2018).
  • "An extracellular RNAi pathway as a mechanism of parasite-host communication". Human Frontiers Science Program (2014-2018).
  • "Evolución de la regulación por microRNAs en animales: análisis sistemático de su plasticidad funcional". SEP/CONACYT - Ciencia Básica (2011-2015).

Publicaciones más relevantes:

Dr. Cei Abreu Goodger

Investigador principal

“Me interesa el mundo del RNA no codificante, sobre todo los llamados RNAs pequeños. Además de ser reguladores cruciales en casi todos los organismos multicelulares, ahora nos damos cuenta que pueden ser transmitidos entre diferentes organismos, con efectos apenas vislumbrados”

cei.abreu@cinvestav.mx

Ing. Mayra Imelda Flores Barraza

Auxiliar administrativo

mayra.flores@cinvestav.mx

Dr. Sergio Nigenda Morales

Posdoc

"Mis intereses de investigación están enfocados en genómica ecológica y evolutiva, filogeografía, diversidad fenotípica asociada a patrones de expresión génica y adaptación a diferentes ambientes de mamíferos (codirección con el Dr. Andrés Moreno)"

sergio.nigenda@cinvestav.mx

Dr. Obed Ramírez Sánchez

Posdoc

“Me encuentro evaluando y desarrollando estrategias de ensamblado de novo de RNAs pequeños y su efecto en análisis de expresión y caracterizaciones filogenéticas”

obed.ramirez@cinvestav.mx

M.C. Daniel Lepe Soltero

Estudiante de Doctorado en Biotecnología de Plantas

"Estudio el efecto de la hibridación en la expresión génica dependiente del origen parental en embriogénesis temprana de Arabidopsis thaliana (codirección con el Dr. Stewart Gillmor)"

daniel.lepe@cinvestav.mx

M.C. José Manuel Villalobos Escobedo

Estudiante de Doctorado en Biotecnología de Plantas

"Investigo la regulación de la expresión de genes en respuesta a heridas y el papel de los RNAs pequeños en la regeneración. Con el uso de tecnologías de secuenciación masiva he identificado a genes y microRNAs como reguladores centrales de la respuesta a daño del hongo Trichoderma atroviride (codirección con el Dr. Alfredo Herrera Estrella)"

jose.villalobos@cinvestav.mx

M.C. José Roberto Bermúdez Barrientos

Estudiante de Doctorado en Biología Integrativa

“Estudio interacciones entre especies mediadas por RNAs pequeños (sRNAs) usando como modelo al nemátodo parásito Heligmosomoides bakeri. Uso herramientas bioinformáticas para describir los sRNAs producidos y secretados por H. bakeri y predecir blancos en su hospedero”

jose.bermudez@cinvestav.mx

Lic. Pablo Manuel González de la Rosa

Estudiante de Maestría en Biología Integrativa

"Estudio de los miRNA's que se expresan en la mariposa monarca con las diferentes fuentes de alimento (codirección con la Dra. Therese Ann Markow)"

pablo.gonzalez@cinvestav.mx

Lic. Michelle Crisely

Estudiante de Maestría en Biología Integrativa

"Estudio los genes y procesos implicados en la extensión de vida mediada por metformina en Saccharomyces cerevisiae (codirección con el Dr. Alexander de Luna Fors)"

michelle.munguia@cinvestav.mx

Ing. Carlos Luna

Estudiante de Maestría en Biología Integrativa

“Estudio los enhancers tejido específicos y sus genes regulados que se encuentran involucrados en el desarrollo de Drosophila melanogaster (codirección con la Dra. Kasia Oktaba)”

carlos.luna@cinvestav.mx

Lic. Gonzalo Córdova López

Estudiante de Maestría en Biología Integrativa

“Estudio el papel de los narnaviruses en el hongo fitopatógeno Rhizopus microsporus. Me interesa su implicación en la alianza establecida entre el mismo hongo y su endosimbionte, una bacteria conocida como Burkholderia rhizoxinica (codirección con la Dra. Laila Pamela Partida)”

gonzalo.cordova@cinvestav.mx

Isaac Martínez Ugalde

Estudiante de Maestría en Biología Integrativa

“Estudio la biogénesis de RNAs pequeños interferentes en nematodos y su función en el parasitismo, usando a Heligmosomoides bakeri como modelo”

issac.martinez@cinvestav.mx