EVOLUCIÓN DE LA DIVERSIDAD METABÓLICA

Nos interesan los aspectos evolutivos y mecanísticos -a nivel del genoma- que permitieron la aparición del metabolismo bacteriano, incluidos sus genes, enzimas y metabolitos. Nos centramos principalmente en el grupo de las actinobacterias (por ejemplo, Streptomyces y Clavibacter), pero también en otros filos identificados después de estudios ecológicos (por ejemplo, cianobacterias), para la exploración experimental y computacional de hipótesis evolutivas.

Líneas de investigación:

• Evolución de la especificidad de sustrato a través de enzimología comparada para el estudio de familias de enzimas homólogas.
• El ensamblaje de las rutas como directriz para la síntesis de nuevos y complejos productos naturales, y su caracterización bioquímica.
• Estudio del papel biológico de metabolitos especializados a través del análisis de interacciones microbianas.
• Estudio de las fuerzas evolutivas detrás de la dinámica genómica, y la diversificación metabólica que conllevan a la adaptación a un nicho, por medio de la filogénomica.

Proyectos recientes:

• "Evolutionary genomics for the sustainable exploitation of microbes from Mexican niches: from biodiversity to application" Royal Society-Newton Advanced Fellowship (2018-2020).
• "Co-evolución planta-bacteria en el contexto del fitobioma: el caso del metabolismo especializado de bacterias del orden Micrococcales en solanáceas agrícolas y silvestres". Ciencia Básica 2016, CONACYT (2018-2020).
• “Descubrimiento de nuevos antibióticos a través de Evomining y fenotipos de adecuación”. Texas A&M University-CONACYT, (2017-2018).
• Transferencias tecnológicas a compañías nacionales e internacionales dentro de los campos de agrobiotecnología y farmacéutica.

Publicaciones más relevantes:

• 1. Expanding Primary Metabolism Helps Generate the Metabolic Robustness To Facilitate Antibiotic Biosynthesis in Streptomyces. mBio, 9(1):e02283-17. 2018.
• 2. Evolution of substrate specificity in a retained enzyme driven by gene loss. eLife, 6:e22679. 2017.
• 3. Phylogenomic analysis of natural products biosynthetic gene clusters allows discovery of arseno-organic metabolites in model streptomycetes. Genome Biology and Evolution. 8(6):1906-16. 2016.
• 4. Evolution of substrate specificity in a recipient's enzyme following horizontal gene transfer. Molecular Biology and Evolution. 30(9): 2024-34. 2013.

Publicaciones recientes:

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