Dr. Octavio Martínez de la Vega

Más sobre nosotros:

Investigador Principal

Estamos interesados en el diseño, implementación y aplicación de métodos matemáticos, estadísticos y computacionales a la investigación biológica, principalmente a genómica, transcriptómica y metabolómica.
Hemos diseñado métodos que aplican la teoría de la información de Shannon al estudio de la transcriptómica, así como métodos estadísticos para el análisis de la expresión genética y el uso de marcadores moleculares. Experimentalmente trabajamos con chile (Capsicum annuum) y girasol (Helianthus annuus).

Líneas de investigación:

Determinación de elementos celulares esenciales.
Estudio de la interacción de elementos genómicos.
Modelado dinámico de la expresión génica.

Proyectos recientes:

GenoGraphy: Un programa para manipular y anotar regiones del genoma.
InterPlay: Un programa para trabajar con interactomas generalizados.
Marcadores moleculares en poblaciones de maíz (en colaboración con June Simpson y otros colegas).
Modelos dinámicos para el desarrollo del fruto de chile (en colaboración con Neftalí Ochoa Alejo y otros colegas).

Publicaciones más relevantes:

1. Long non-coding RNAs are major contributors to transcriptome changes in sunflower meiocytes with different recombination rates. BMC Genomics 17:490. doi: 10.1186/s12864-016-2776-1, 2016.
2. How many genes are expressed in a transcriptome? Estimation and results for RNA-seq. PLoS ONE 10(6): e0130262. doi: 10.1371/journal.pone.0130262, 2015.
3. Transcriptomic landscape of prophase I sunflower male meiocytes. Front. Plant Sci. - Plant Genetics and Genomics; 5: 277. Published online 2014 Jun 16. doi: 10.3389/fpls.2014.00277.
4. Dynamics of the chili pepper transcriptome during fruit development. BMC Genomics 15:143. doi: 10.1186/1471-2164-15-143, 2014.
5. Defining diversity, specialization, and gene specificity in transcriptomes through information theory. Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) 105(28): 9709–9714, 2008.

Publicaciones recientes:

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BIOLOGÍA COMPUTACIONAL