Genómica Ecológica y Evolutiva

Nuestro grupo investiga las bases genómicas de la domesticación de plantas Mesoamericanas y la función de los microbiomas en la evolución de las plantas en general. Nuestros modelos biológicos son las cícadas (Dioon, Zamiaceae), el chile (Capsicum, Solanaceae) y la vainilla, (Vanilla, Orchidaceae). Mediante la descripción de patrones genéticos y la caracterización de las funciones del genoma, buscamos descubrir los mecanismos evolutivos que permiten la adaptación de las especies a ambientes naturales y al agroecosistema humano.

Líneas de investigación:

• Genómica comparada de cícadas y sus bacterias simbiontes de la raíz coraloide.
• Genómica evolutiva de hongos y las bacterias del microbioma de la vainilla.
• El papel de la regulación de genes en la domesticación del chile (Capsicum).
• Genética de poblaciones de cícadas y vainilla.

Proyectos recientes:

• ”Cícadas y la domesticación de maíz en el paisaje mesoamericano: elucidando una relación milenaria mediante la genómica, la arqueología y la geografía cultural" CONACYT-Fronteras de la Ciencia no. 901 (2016-2018).
• "La variación genética de las plantas cultivadas en México: estrategias para enfrentar el cambio climático" CONACYT-Resolviendo Problemas Nacionales 247730 (2016-2018).
• “Genómica evolutiva de Cícadas". Montgomery Botanical Garden Research Funds (2017-presente).

Publicaciones más relevantes:

• 1. Unlocking a high bacterial diversity in the coralloid root microbiome from the cycad genus Dioon. PLOS ONE 14(2): e0211271. doi: 10.1371/journal.pone.0211271, 2019.
• 2. Cycad Coralloid Roots Contain Bacterial Communities Including Cyanobacteria and Caulobacter spp. That Encode Niche-Specific Biosynthetic Gene Clusters. Genome Biol Evol. 11(1):319-334. doi: 10.1093/gbe/evy266, 2019.
• 3. Comparative transcriptome analysis of cultivated and wild seeds of Salvia hispanica (chia). Scientific Reports 9, Article number: 9761, 2019.
• 4. Back to the origin: in situ studies are needed to understand selection during crop diversification. Frontiers in Ecology and Evolution 5: 125, 2017.
• 5. Increasing metagenomic resolution of microbiome interactions through functional phylogenomics and bacterial sub-communities. Frontiers in genetics 7:4, 2016.

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