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Genómica Funcional y
Evolutiva de ARNs regulatorios

GRUPOS DE TRABAJO

doctor

Más sobre nosotros:



Dra. Selene L. Fernández Valverde

Investigadora Principal

La reciente explosión en información genómica facilitada por la invención de la secuenciación masiva ha revelado un gran número de moléculas regulatorias, incluidas una gran cantidad de ARNs no codificantes – moléculas de ARN con nulo o poco potencial codificante para proteínas. Muchos de estos ARNs tienen importantes funciones como moduladores de la expresión génica.
En nuestro grupo estudiamos las dinámicas evolutivas de las moléculas de ARN no codificantes usando una variedad de especies de plantas y animales con diversas escalas evolutivas. Utilizamos herramientas bioinformáticas y datos genómicos para entender la evolución de estas moléculas y los mecanismos regulatorios en los que participan.

Líneas de investigación:

  • Genómica comparativa de regiones sinténicas que generan ARNs largos no codificantes (lncRNAs) para caracterizar sus dinámicas evolutivas.
  • Evolución de lncRNAs en procesos de regeneración y desarrollo embrionario en plantas y animales.
  • Identificación de módulos estructurales funcionalmente homólogos en lncRNAs.
  • Identificación de lncRNAs asociados a síndromes cardio-metabólicos en poblaciones humanas mexicanas.

Proyectos recientes:

  • "Distinción internacional para Jóvenes Prometedoras". L'Oréal-UNESCO International Rising Talents 2018.
  • "The evolutionary dynamics of long non-coding RNAs and chromatin structure in plants". The Royal Society, Newton Advanced Fellowship 2017.
  • "Validación de la existencia de dominios de pegado a proteínas en un RNA largo no codificante". L'Oréal-UNESCO-CONACYT-AMC Becas Para las Mujeres en la Ciencia (2016).

Publicaciones más relevantes:

Publicaciones recientes:

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EQUIPO DE TRABAJO


Dra. Selene L. Fernández Valverde

Investigadora Principal

"Soy una investigadora especializada en genómica y bionformática. Mi principal interés académico es contribuir a entender los mecanismos involucrados en la inmensa diversidad fenotípica presente en el reino animal y vegetal. Estoy particularmente interesada el rol que los ARNs no-codificantes juegan en la evolución de los paisajes regulatorios dentro de una misma y entre distintas especies"

selene.fernandez@cinvestav.mx

Ing. Mayra Imelda Flores Barraza

Auxiliar administrativo

Dr. Francisco Javier Pérez de los Santos

Posdoc

"Caracterización Experimental de Estructuras Conservadas en ARNs Largos No Codificantes. Mi proyecto tiene como objetivo estudiar estructuras secundarias conservadas e interacciones proteicas compartidas en ARNs largos no codificantes (lncRNAs) predichos mediante métodos computacionales utilizando técnicas experimentales"

M.C. José Antonio Corona Gómez

Estudiante de Doctorado en Biotecnología de Plantas

"Mi proyecto se enfoca en la identificación de conservación evolutiva de la estructura de lncRNAs en Brasicáseas usando herramientas bioinformáticas de genómica comparativa"

M.C. Evelia Lorena Coss Navarrete

Estudiante de Doctorado en Biotecnología de Plantas

“El objetivo central de mi proyecto es identificar los lncRNAs ortólogos presentes en la parte aérea y raíces en plántulas de diversas Brasicáseas, mediante el empleo de herramientas bioinformáticas y validación experimental”

Ing. Francisco J. Falcón Hernández

Estudiante de Maestría en Biología Integrativa

"Trabaja en el estudio de dos especies de ajolote usando genómica comparativa para comprender mejor el proceso de regeneración. Está interesado particularmente en los ARNs no codificantes y su rol en el mantenimiento de la pluripotencia (codirección con el Dr. Alfredo Cruz)"

Ing. Luis Jordan Perez Medina

Estudiante de Maestría en Biotecnología de Plantas

"Mi proyecto se enfoca la identificación de ARNs co-expresados en tejidos específicos humanos que puedan compartir funciones, con el propósito de identificar dominios estructurales conservados"

Ing. Irving Jair García López

Estudiante de Maestría en Biotecnología de Plantas

"Estamos buscando mediante herramientas bioinformáticas la presencia de ARNs largos no codificantes (lncRNAs) que estén regulando la elongación de órganos específicos (hipocotilos y cotiledones), en respuesta a la baja disponibilidad de luz durante un fenómeno muy común en plantas denominado proximidad vecina, utilizando como modelo Arabidopsis thaliana"

Lic. Rene Alexander Ramos Díaz

Estudiante de Maestría en Biología Integrativa

"Aplicación de métodos de machine learning para análisis de datos y simulación de procesos biológicos, EvoDevo y evolución de la multicelularidad"

Jesús Emiliano Sotelo Fonseca

Estudiante de Maestría en Biotecnología de Plantas

"Estudia cómo cambia la conformación espacial del genoma durante el desarrollo y en diferentes condiciones experimentales. Evalúa herramientas bioinformáticas que identifican cambios de la estructura tridimensional del genoma a partir de datos de captura de conformación cromosómica (Hi-C)"

Jaime Alejandro Pérez Patiño

Estudiante de Maestría en Biotecnología de Plantas

"Trabaja en el análisis de pipelines para detección de conservación estructural en ARNs largos no codificante para determinar que estrategia bioinformática produce los mejores resultados. Estos se comparan con datos experimentales"

Ing. América Ramírez Colmenero

Estudiante de Maestría en Biología Integrativa

“Trabaja en la caracterización y comparación de la arquitectura genómica y los lncRNAs asociados a cromatina entre órganos de distintas especies de Brassicas, utilizando métodos de captura de conformación cromosómica (Hi-C y ChAR-seq)”

Biól. Esteban Elías Escobar Hernández

Estudiante de Maestría en Biotecnología de Plantas

“Su proyecto se centra en la identificación y caracterización de transcritos metilados por m6A durante el desarrollo de brotes enPhyscomitrella patensusando herramientas bioinformáticas de epitranscriptómica”

Ing. Stephanie Mata Bonilla

Estudiante de Maestría en Biotecnología de Plantas

“Trabaja con Botryococcus braunii Raza B (Showa), una microalga productora de hidrocarburos llamados botryococcenos, y mi interés es estudiar a nivel transcriptomico que mRNAs y lncRNAs se expresan diferencialmente bajo diferentes condiciones de cultivo de la microalga y caracterizar los procesos en los que estos participant”
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